《方案》指出，实施控制污染物排放许可制，是推进生态文明建设、加强环境保护工作的一项具体举措，是改革环境治理基础制度的重要内容，对加强污染物排放的控制与监管具有重要意义。《方案》明确，到2020年，完成覆盖所有固定污染源的排污许可证核发工作，基本建立法律体系完备、技术体系科学、管理体系高效的控制污染物排放许可制，对固定污染源实施全过程和多污染物协同控制，实现系统化、科学化、法治化、精细化、信息化的“一证式”管理。
《方案》提出，要衔接整合相关环境管理制度，将控制污染物排放许可制建设成为固定污染源环境管理的核心制度。通过实施控制污染物排放许可制，实行企事业单位污染物排放总量控制制度，实现由行政区域污染物排放总量控制向企事业单位污染物排放总量控制转变，范围逐渐统一到固定污染源；有机衔接环境影响评价制度，实现从污染预防到污染治理和排放控制的全过程监管；为相关工作提供统一的污染物排放数据，提高管理效能。
《方案》要求，规范有序发放排污许可证。制定排污许可管理名录，分行业推进排污许可管理，逐步实现排污许可证全覆盖。县级以上地方政府环境保护部门负责排污许可证核发，地方性法规另有规定的从其规定。要将现有法律法规对企事业单位污染排放控制的要求细化落实，依法确定许可内容，环境质量不达标地区要对企事业单位排放污染物实施更加严格的管理和控制。
《方案》提出，要严格落实企事业单位环境保护责任。纳入排污许可管理的所有企事业单位必须持证排污、按证排污，不得无证排污。企事业单位应依法开展自行监测，建立台账记录，如实向环境保护部门报告排污许可证执行情况。
《方案》指出，环境保护部门要加强监督管理。依证严格开展监管执法，重点检查许可事项和管理要求的落实情况，严厉查处违法排污行为；综合运用市场机制政策，引导企事业单位主动削减污染物排放。要强化信息公开和社会监管，2017年基本建成全国排污许可证管理信息平台，及时公开企事业单位自行监测数据和环境保护部门监管执法信息。
《方案》强调，要做好控制污染物排放许可制实施的各项保障工作。加强组织领导，明确目标任务，制定实施计划，确保按时限完成排污许可证核发工作；进一步完善法律法规，健全技术支撑体系，加大宣传培训力度，确保这一制度得到有效落实。